Kemiskinan dan diskriminasi ini salah satunya disebabkan oleh rendahnya pendidikan masyarakat kita sehingga stereotip dan prasangka buruk yang dikembangkan dapat dengan mudah dipakai sebagai alat untuk memprovokasi terjadinya konflik. Berprinsip untuk mencegah kejadian serupa terjadi berulang kali maka konsep dari pendidikan yang dijalankan di YPSIM, selain berpatokan pada mencerdaskan kehidupan bangsa juga menjunjung tinggi nilai keberagaman, demokrasi, keadilan dan kesetaraan dengan dilaksanakan secara lebih terencana dan struktural.
Berbagai kegiatan yang dilakukan di YPSIM agar penerapan pendidikan multikultural dapat dilaksanakan antara lain:
- Mengembangkan budaya sekolah yang dibentuk oleh nilai-nilai multikulturalisme dengan menyediakan fasilitas pendidikan berupa rumah ibadah yang letaknya berdampingan (Mesjid, Gerej, Vihara , Pura) dan auditorium Bung Karno yang letaknya berdekatan dengan rumah ibadah .Secara simbolis rumah ibadah yang berdampingan ini menggambarkan semboyan negara Indonesia ‘Bhinneka Tunggal Ika’, yang menjadi landasan pelaksanaan semua kegiatan pendidikan di Yayasan perguruan Sultan Iskandar Muda. Dengan rumah ibadah yang berdekatan ini, maka para anak didik terbiasa melihat perbedaan dan mengajarkan kepada mereka bahwa perbedaan bukan berarti tidak dapat berteman dan hidup bersama.
- Perayaan hari-hari besar agama dan malam Bhinneka Tunggal Ika yang bertujuan untuk meningkatkan nilai toleransi antar umat beragama dan juga meningkatkan nilai persatuan bangsa dalam keberagaman.
- Doa lintas agama pada upacara nasional dan juga setiap memulai pembelajaran.
- Kegiatan pendidikan kelas agama secara bersama dengan memilih topik tertentu.
- Pengaturan tempat duduk untuk interaksi dan pertukaran budaya yang optimal,
- Kegiata ekstrakurikuler yang mendukung kegiatan multikulturan seperti : olahraga, seni, simpul siswa, radio keberagaman.
- Pengintegrasian nilai multikultural pada setiap pembelajaran dengan menyusun perangkat pembelajaran berupa RPP dan Silabus mata pelajaran.
- Mengadakan liburan bersama dan outbond yang bertujuan untuk mengembangkan jiwa kepemimpinan dan mengeratkan hubungan antar staf di YPSIM sehingga interaksi antar keluarga besar yang terjalin tidak hanya terbatas ketika berada di sekolah.
- Menjaga jalinan silaturahmi antara semua warga sekolah, baik yang bekerja ataupun belajar di dalamnya. Silaturahmi yang dilakukan pada umumnya ketika ada perayaan hari besar agama ini juga dilihat sebagai implementasi nyata dari pendidikan multikultural yang berpusat pada nilai saling menghargai dan menghormati agama dan kepercayaan satu sama lain.
YPSIM hadir untuk mendidik generasi muda yang cerdas, berbudi dan menghargai keberagaman bangsa. Untuk itu sejak dini anak anak diajarkan untuk mengharga perbedaan. Nilai toleransi, anti diskriminasi, pluralisme, nasionalisme, kesetaraan gender menjadi hal penting diajarkan kepada anak didik disamping itu yang tidak kalah penting untuk diajarkan adalah nilai religius, kejujuran, displin, kerja keras, tekun, ulet, kreatif, mandiri, demokrasi, rasa ingin tahu, menghargai prestasi, bersahabat, komunikatif, cinta damai, gemar membaca, peduli lingkungan, peduli sosial, dan tanggung jawab . Pendidikan multikulturan diharapkan akan menjadi jawaban untuk memperkokoh persatuan dan kesatuan bangsa yang menjunjung tinggi nilai nilai Pancasila dan Bhinneka Tunggal Ika.