Peletakan batu pertama pembangunan Vihara Prajna Paramita dilakukan tanggal 16 Oktober 1999 oleh Bikhu Chandra Karo dan dr. Sofyan Tan. Peletakkan batu pertama pembangunan vihara Prajna Paramita ini dilakukan bersamaan dengan pembangunan gereja Oikumene YP Sultan Iskandar Muda.
Prajna Paramita berasal dari Bahasa sansekerta yang artinya kesempurnaan kebijaksanaan. Vihara Prajna Paramita diresmikan penggunaannya tanggal 14 Februari 2003 oleh Ir. Sarwono Kusuma Atmaja dan Prof. Dr. Nurcolis Madjid.
Di sekolah, vihara ini difungsikan sebagai tempat untuk penyelenggaraan Puja Bhakti, meditasi, penyelenggaraan Dharma Clas, pembelajaran agama dan pelaksanaan perayaani Maghapuja, Waisak, Asadha dan khatina.
