Peletakan batu pertama pembangunan Gereja Oikumene Yayasan Perguruan Sultan Iskandar Muda dilakukan oleh dr. Sofyan Tan, Pdt. Surbakti, S.Th., Pastur Heri Kartono OSS dan P dt. GOP Manurung pada tanggal 16 Oktober 1999. Meski pembangunan gereja dilakukan saat Indonesia belum sepenuhnya pulih dari krisis ekonomi tahun 1997, namun berbagai dukungan donasi tak hanya berhasil dihimpun dari siswa, guru, karyawan, tetapi juga sejumlah donatur.
Pada tanggal 14 Februari 2003, gereja Oikumene YP Sultan Iskandar Muda diresmikan penggunaannya oleh Ir. Sarwono Kusuma Atmaja dan Prof. Dr. Nurcolis Madjid. Oikumene dalam arti luas adalah inisiatif keagamaan menuju keesaan di seluruh dunia.
Pilihan sebagai gereja oikumene, selain bertujuan untuk meningkatkan kerjasama dari siswa yang berasal dari beragam denominasi gereja, juga untuk menumbuhkan pemahaman yang lebih baik antara kelompok-kelompok agama atau denominasi yang memiliki doktrin, sejarah dan praktik masing-masing. Gereja Oikumene YP Sultan Iskandar Muda menyelenggarakan kegiatan ibadah tanpa membedakan suku, ras dan warna kulit dan denominasi gereja.
