Nilai-nilai keberagaman ditumbuhkan melalui penguatan kurikulum dan pembelajaran, budaya institusi, dan unit/ekstrakurikuler. Semua itu didukung oleh pembelajaran berkualitas dengan pendekatan multikultural dan integrasi nilai-nilai keberagaman
Yayasan Perguruan Sultan Iskandar Muda (YPSIM) membangun budaya institusi untuk menumbuhkan dan mendorong pengamalan nilai-nilai inklusivitas, seperti:
Doa menjadi praktik baik yang sentral dalam pendidikan Indonesia. Namun begitu, biasanya doa bersama hanya diwakili oleh Islam selaku agama mayoritas. Praktik tersebut rentan menormalisasi hegemoni dan membuat kesadaran keberagaman menjadi rapuh, apalagi bagi agama/kepercayaan minoritas
Oleh karena itu, YPSIM membudayakan pelaksanaan praktik baik doa lintas agama setidaknya pada pada momen-momen insidental. Harapannya, siswa akan semakin peka dan berempati terhadap pemeluk agama/kepercayaan minoritas, sehingga toleransi aktif dapat terinternalisasi.
YPSIM mengadakan kegiatan rutin untuk merayakan hari besar pelbagai agama yang dianut oleh keluarga besar YPSIM. Dalam pelaksanaan, tenaga pendidik, staf, serta peserta didik dari berbagai latar belakang agama saling bergotong-royong untuk mempersiapkan. YPSIM percaya bahwa sementara keyakinan teologis adalah ranah masing-masing agama, moralitas dan aspek sosial adalah titik temu dialog dan kolaborasi lintas-iman.
YPSIM memiliki kompleks rumah ibadah yang terdiri atas Masjid, Vihara, Gereja, dan Pura untuk memenuhi kebutuhan beragama tenaga pendidik, staf, dan peserta didik. Pura yang kami miliki diselaraskan dengan denominasi Hindu di Medan yang lebih dekat dengan Hindu-India ketimbang Hindu-Bali.